Hola Amdruy,
Para empezar indicarte que no me dedico profesionalmente a temas de asesoría, simplemente estoy compartiendo mi experiencia y mis conocimientos (soy licenciado en Economía). En teoría un asesor podrá ayudarte más y mejor (siempre que sea imparcial y te diga la realidad).
También te digo que lo que me cuentas no me cuadra para nada. O hay algo que no estamos teniendo en cuenta o lo que te han comentado es para no tener líos y porque no termina de encajarles.
Un autónomo puede crear una sociedad civil con quien sea y ponerse él como administrador de la sociedad. Seguramente tenga que darse de alta en algún otro epígrafe de IAE (porque la actividad que realice sea otra) y notificar esa nueva actividad a la seguridad social, pero nada más (solo añadir el alta de la sociedad y los pocos gastos de gestión y asesoría que puede tener). En regimen de autónomo solo se cotiza una vez independientemente de las actividades que realices.
Tienes dos opciones o buscarte otra persona que no le moleste crear una sociedad o abrir el negocio en la que ella sea la titular, como autónoma (como ha indicado el asesor). Tu no aparecerías en ninguna parte; tampoco pasaría gran cosa al principio. Ten en cuenta que si creases la sociedad civil tendrías que tener un porcentaje inferior a la persona con la que te asocies, es decir, que nunca vas a tener una posición dominante.
Espero haberte aclarado algo. Un saludo,
Víctor