Hola Alberto,
Para calcular la retención del IRPF hay web que puedes encontrar en internet como la de www calcularsueldoneto com. (Tendrías que quedarte solo con la parte de IRPF, la de seguridad social no aplica ya que eres administrador autónomo).
En caja siempre puedes tener dinero. Depende lo que factures, pero por ejemplo hasta 3000 € es algo normal.
Saludos,
Víctor